与国内各类保税区不同，跨境合作区所处的地理位置特殊，首先是在边境，其次它的最大特色是“境内关外”的特殊海关监管制度，采取“两国一区、境内关外、自由贸易、封关运作”的管理方式，实现“一线放开，二线管住、自由流动、高效运行”。国家设立跨境合作区最主要的任务是开放带动，是综合改革的试验田。
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